Öğrenme beynin bir işlevidir. İlk aşaması bilginin duyu organları tarafından beyne iletilmesi ve beynin bilgiyi almasıdır. Daha sonra gelen bilgilerin birleştirilmesi, hafızada tutulması ve son aşamada da konuşma, okuma, yazma gibi becerilerle dışarı aktarılması gerekir. Öğrenme bozukluğu olan çocuklarda bilginin elde edilmesi ve kullanılmasını sağlayan aşamalarda problemlerin varlığı kabul edilmektedir.
1- Genetik Etmenler: 
Bazı araştırmalara göre öğrenme yetersizliği olan çocukların % 25-60'nda sorunun genetik olduğu bildirilmiştir. özel öğrenme güçlüğü olan çocukların anne babalarında benzer sorunlar olma olasılığı normal populasyondan 5-12 kat fazla, ikizlerde özel öğrenme güçlügü olma ihtimali yüksek (bir çocukta varsa diğerinde olma olasılığı yüksek) kardeşlerde benzer sorunların olma olasılığı yüksektir.
2- Nörolojik Fonksiyonlarda Bozukluk:
Öğrenme için gerekli olan aşamalardaki bozukluklar
a) GİRDİ (input): Gelen bilgilerin duyu organlarıyla beyine girmesidir. Girdilerin algılanması beyinde gerçekleşir..Öğrenme bozukluğu olan çocuklarda bu uyaranların algılanmasında problem vardır.
Şekil –pozisyon algılama bozukluğu:Harfleri ters ya da dönmüş olarak algılayabilir.Örneğin:a yerine e,6 yerine 9 algılayabilir.b-d, p-b karıştırabilir.Çok yerine koç,ev yerine ve okuyabilir.
Şekil –zemin algisında bozukluk:Okuma söz dizilerine odaklaşmayı,soldan sağa ve satır izlemeyi gerektirir.Bu alanda zorluk yaşayan çocuklar okumada satır atlama,satır tekrarlama,harf ya da kelime atlama gibi hatalar yaparlar. Uzaklık -derinlik –boyut algılamada bozukluk. Derinliği kestiremediği için eşyalara çarpma,sandalyeden düşme,sağ sol ayırt etmede güçlük,topu yakalamak,ip atlamak,yap boz yapmak gibi işlerde güçlük yaşarlar.
İşitsel algı bozuklukları: Duyulan sesler yanlış algılanır ve çocuk sesleri birbirine karıştırır.Örneğin:bavul yerine davul, soba yerine sopa gibi. Aynı anda işitilen seslerden birine odaklanamama,art arda söylenen yönergelerin bir kısmını duyup bazılarını kaçırma(örneğin:odana git ,ikinci çekmedeki mor kalemi al kardeşine ver denildiğinde bir kısmını yerine getirir bir kısmını unutur)
Dokunsal algı bozuklukları:Dokunsal algı sorunu yaşayan çocuklar gözleri kapalıyken dokunarak bir nesneyi tanımlayamama,şeklini sayısını ayırt edememe,sırtına yazılan sayıyı harfi ayıt edememe gibi sorunlar yaşarlar.
b)BÜTÜNLEME(İntegration): Gelen bilginin kaydedilip organize edilmesi, anlaşılması, yorumlanmasıdır.Öğrenme güçlüğünde bu aşamalardan birinde veya tümünde sorun olabilir. Bu alanda sorun olması günleri, ayları, alfabedeki harfleri sırayla sayamamasına ,öncesini sonrasını karıştırmasına,okuduğu öyküyü olay sırasına uygun anlatamamasına,kelimelerin taşıdıkları anlamları ayırt edememesine sebep olmaktadır.Bir konunun ana fikrini bulmakta deyimleri anlamakta ,önceki öğrenilen bilgilerle yeni öğrenilenler arasında bağlantı kurmakta,zamanı iyi kullanmakta,yapması gerekenleri organize etmekte güçlük yaşarlar.
c) BELLEK(memory): Anlaşılan bilgilerin tekrar kullanılmak üzere depolanmasıdır. Öğrenme bozukluklarında daha çok kısa süreli bellek sorunları görülür. Bu alanda güçlük yaşayan çocuklar 5-6 kelimelik bir cümleyi akılda tutarak yazmakta,çarpım tablosunu ezberlemekte,sınıftan çıkarken aklında tuttuğu ödevini eve gelince hatırlamakta,az önce söylenen bir şeyi birine aktarmakta güçlük yaşarlar.
d) ÇIKTI(Output) : Beynin bilgiyi vücuda göndermesi, öğrenmedir. Öğrenilen bilgiler konuşma ile yazarak ,çizerek ya da hareket ederek dışarı atılır.Öğrenme bozukluğu olan çocuk kendini ifade ederken,iletişimi başlatıp sürdürürken güçlük yaşar.kendiliğinde konuşurken akıcı bir şekilde konuşurken; konuşma anında sorulan soruya uygun yanıtı bulup vermede güçlük yaşar. Yürürken ,koşarken bir şeylere takılır ,sakarlık yaparlar.Yüzme ,atlama ,topa vurma gibi kaba motor becerileri ile;düğme ilikleme ,makas kullanma ,kalem tutma gibi ince motor becerilerinde sorun yaşarlar.